前Q提要

在侵蝕心臟的《種》影響下，沉睡好一段時間的希耶絲塔總算清醒之後過了一年。這段期間也由於不再發生任何重大的《世界危機》，讓君冢君彥沉浸在和平的日常生活之中。平日與夏凪渚到同一所大學上課，假日在希耶絲塔創立的偵探事務所擔任助手。對於這樣平凡的每一天感到舒適的君冢，有一天忽然受邀出席《聯邦政府》主辦的一場名爲《聖還之儀》的典禮。

這場典禮的主旨是爲了慶祝世界恢復和平，並且慰勞長年來爲此盡心竭力的《調律者》們。君冢伴隨夏凪與希耶絲塔一同出席典禮，卻不料在儀式途中出現了自稱《未踏聖境（Another Eden）》使者的恐怖分子，對《聯邦政府》發動叛亂。

叛亂行動的幕後黑手竟是《情報屋》布魯諾•貝爾蒙多，而其目的是揭發據說隱藏於這個世界的重大祕密──《虛空歷錄（Akashic records）》的真面目。雖然暴動本身在希耶絲塔一行人大顯身手下未遂而終，但是布魯諾卻在不久後預言將有災禍到來並與世長辭了。

這個世界現在變得很奇怪。由於布魯諾發動的叛亂，以及認知到世界各地正在被尤克特拉希爾侵略的事實，君冢一行人總算確信自己的記憶以及世界的紀錄遭到了竄改。後來在布魯諾的孫女諾艾爾•德•祿普懷茲帶來一個名爲《聖遺具》的祭具讓君冢看見過去做爲開端，君冢一行人決定踏上找回世界的紀錄的旅途。

在這過程中所接觸到的，是關於《魔法少女》莉洛蒂德、《吸血鬼》史卡雷特、《暗殺者》加瀨風靡等人過去的故事。大家都爲了某種目的而戰，然後喪失了什麼東西。君冢不時將這些故事與自己的處境做聯想，並逐漸找回了《特異點》、《虛空歷錄（Akashic records）》、《怪盜》等等與世界的祕密相關的記憶。

其中最爲重大的，是這個世界其實受到一種名爲《系統》的程式所管理的事實。所謂的《世界之敵》或《世界危機》實際上是類似程式錯誤或程式病毒的東西，而至今《調律者》們都是利用名爲《意志》的力量在對抗那些災禍。

而身爲世界上最糟糕的犯罪者，同時也是《怪盜》的亞伯•A（亞森）•荀白克則是利用名爲《暗號》的能力取代《意志》，企圖從《系統》中偷出扮演中樞角色的虛空歷錄，成爲這個世界新一代的管理者。但就在那時，君冢發揮《特異點》的力量暫時封印亞伯，更與夏露合作破壞了《系統》的一部分。然而亞伯卻在離開前表示這個世界還另外隱藏有更加重大的祕密，並暗示自己未來將再度現身於君冢一行人面前。

找回了過去這些記憶之後，君冢將不知爲何變得下落不明的夏露交給夏凪去尋找。自己則是爲了與亞伯做出一個了結，並探究世界變得異常的真正原因，與希耶絲塔踏上最後的旅程，前往虛空歷錄依然沉睡於其中的管制塔──